El Colegio Mexiquense mantiene una activa participación en redes académicas y colabora interinstitucionalmente a fin de enriquecer la investigación y la docencia.
Forma parte de la Red de Colegios y Centros de Investigación en Ciencias Sociales, junto con El Colegio de México, El Colegio de Michoacán, El Colegio de Sonora, El Colegio de la Frontera Norte, El Colegio de San Luis, El Colegio de la Frontera Sur, El Colegio de Jalisco, el Centro de Investigación y Docencia Económicas (CIDE), el Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora, el Centro de Investigación y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS) y el Centro de Investigación en Geografía y Geomática Ing. Jorge L. Tamayo.
Con base en esas alianzas, diseña y ejecuta programas de colaboración con instituciones académicas para contribuir al estudio y la solución de los principales problemas del Estado de México y el país, y se hacen proyectos conjuntos, se intercambian publicaciones y se organizan actividades académicas.
Además, ha firmado convenios de colaboración con diversas instituciones, como el Instituto Nacional de Estudios Históricos de las Revoluciones de México (INEHRM) y el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), y dependencias e instancias públicas, para la realización proyectos de investigación, la organización de actos académicos, la coedición de libros y la organización de actividades de difusión.
